Митрополит Белгородский и Старооскольский Иоанн родился 1 сентября 1960 года в семье служащих в городе Иркутск. Окончив с отличием среднюю школу № 1 города Шелехова, в сентябре 1977 года поступил на исторический факультет Иркутского государственного университета.
По окончании университета преподавал в институте и поступил в аспирантуру Новосибирского государственного университета, однако в 1983 году по собственному желанию оставил преподавание и был принят в церковный хор Знаменского кафедрального собора города Иркутска.
В 1984 году совмещал послушание иподиакона архиепископа Иркутского и Читинского Ювеналия и директора свечного заводика Иркутского епархиального управления. В 1985 году, в связи с переводом архиепископа Ювеналия на Курскую кафедру, переехал в Курск, где нес послушание его келейника, а затем личного секретаря.
В сентябре 1985 года поступил в Ленинградскую духовную семинарию, а в 1988 году в Ленинградскую духовную академию, которую окончил в 1992 году.
В декабре 1989 года по благословению митрополита Ленинградского и Новгородского Алексия (Ридигера) направлен в Курскую епархию, где 30 марта 1990 года был пострижен в монахи с именем Иоанн в честь митрополита Тобольского и всея Сибири Иоанна.
4 апреля 1990 года рукоположен в сан диакона, а 7 апреля, в день Благовещения Пресвятой Богородицы — в сан пресвитера.
В июне 1990 года был назначен ректором возрождающегося Курского духовного училища и возведен в сан игумена, а в декабре 1991 года в связи с преобразованием училища в духовную семинарию был назначен ректором Курской духовной семинарии.
В 1993 году возведен в сан архимандрита.
Решением Священного Синода от 22—23 февраля 1993 года архимандрит Иоанн (Попов) был назначен епископом Белгородским, викарием Курской епархии, с сохранением обязанностей ректора БелДС. Епископская хиротония состоялась 4 апреля 1993 года.
По решению Архиерейского Собора 1994 года назначен председателем Рабочей группы по планированию возрождения православной миссии на канонической территории Русской православной церкви. 18 июля 1995 года решением Священного Синода в связи с образованием самостоятельной Белгородской епархии был назначен епископом Белгородским и Старооскольским.
В марте 1995 года освятил АПЛ Курск, которая затонула накануне открытия юбилейного Архиерейского Собора РПЦ 2000 года.
В декабре 1995 года создал Миссионерский Православный благотворительный Фонд Русской православной церкви, в который в качестве учредителей вошли РАО «ГАЗПРОМ», банк «Кремлевский» и другие предприятия. По решению Священного Синода 26 декабря 1995 года назначен председателем новообразованного Миссионерского отдела Русской православной церкви.
26 декабря 1995 года освобождён от должности ректора Курской семинарии. Решением Священного Синода от 17 июля 1996 года была образована Белгородская духовная семинария (с миссионерской направленностью), ректором которой стал владыка Иоанн.
18 февраля 1999 года Иоанн возведён в сан архиепископа.
26 апреля 2004 года Архиепископ Белгородский и Старооскольский Иоанн поднялся в воздух и с высоты окропил легендарные прохоровские поля, на которых проходили сражения в годы Великой Отечественной войны, а также земли, впоследствии сильно пострадавшие от пожаров в августе 2010, реки и озёра Святого Белогорья.
В 2006 году владыка Иоанн организовал поездку руководителей районов и крупных предприятий на Святую гору Афон.
С 21 марта по 2 июня 2008 года также был временно управляющим Орловской епархией.
С 27 июля 2009 года — член Межсоборного присутствия Русской Православной Церкви.
7 июня 2012 года Иоанн назначен главой Белгородской митрополии, в связи с чем 18 июля 2012 года возведён в сан митрополита.
Архиепископ Белгородский и Старооскольский Иоанн является действительным членом — академиком Петровской академии наук, Международной Кирилло-Мефодиевской Академии славянского просвещения, а также почетным профессором Белгородского Государственного университета.
С декабря 2004 года возглавляет комиссию по духовной безопасности при полномочном представителе Президента Российской Федерации по Центральному федеральному округу, одновременно являясь руководителем регионального Комитета по планированию семьи.
Первый автор научно-методического пособия: Духовная безопасность России (актуальные теоретико методологические и практические проблемы духовной безопасности). М., 2005. 109 с.
