Михаил Витальевич Шкаровский родился 16 августа 1961 года в Ленинграде в семье военнослужащего. В 1984 году закончил исторический факультет Ленинградского государственного университета, в 1990 году — аспирантуру Ленинградского отделения Института истории СССР Академии Наук СССР.
В мае 1991 года защитил кандидатскую диссертацию по теме: «Формирование трудовых коллективов в государственной промышленности СССР, на материалах Ленинграда в 1921-1927 гг.». В 1996 году защитил докторскую диссертацию по теме: «Русская Православная Церковь и религиозная политика советского государства в 1939-1964 гг.».
С августа 1984 года работает в Центральном государственном архиве Санкт-Петербурга, в настоящее время — ведущий научный сотрудник. С 1989 года по настоящее время — преподаватель Санкт-Петербургского государственного университета культуры и искусств.
С 1994 по 2001 гг. был сотрудником Научно-информационного центра «Мемориал» (Санкт-Петербург).
С 1998 по 2000 гг. работал в архивах Германии, являясь стипендиатом научного фонда Александра Гумбольдта при Институте восточных церквей Вестфальского университета в Мюнстере.
В 2000-2002 гг. преподавал историю Русской Православной Церкви ХХ века в Богословском институте (Санкт-Петербург). В 2002-2003 гг. был профессором Санкт-Петербургского гуманитарного университета профсоюзов. С 2008 года преподает историю Русской Православной Церкви ХХ века в Православном народном университете (Санкт-Петербург).
С 1999 года по настоящее время — член научного совета Института сравнительных церковно-государственных исследований (Берлин). С 2000 года по настоящее время — член Комиссии по канонизации новомучеников Санкт-Петербургской епархии.
Принял участие в качестве докладчика в 53 международных конференциях, имеет 317 научных публикаций (из них 34 книги), в том числе 53 статьи опубликовано в США, Великобритании, Франции, Германии, Италии, Швейцарии, Японии, Болгарии.
Награды: В 2004 — 2006 гг. был награждены премиями св. митрополита Макария, св. кн. Александра Невского, Сергея Нилуса и Анциферова. В 2007 г. награжден орденом св. митрополита Макария 3-й степени.
