Родился 11 февраля 1948 года в городе Первоуральске Свердловской области в семье рабочих. Крещён в феврале 1948 года протоиереем Иларионом Еремеевым в Георгиевской церкви посёлка Слобода Первоуральского района Свердловской области.
По окончании средней школы в 1966 году работал электрослесарем на Новотрубном заводе Первоуральска.
В 1960-х годах нёс послушание иподиакона при архиепископе Свердловском и Курганском Клименте в Иоанно-Предтеченском кафедральном соборе.
В 1969—1972 годах учился в Московской духовной семинарии, в 1972—1976 годах — в Московской духовной академии, которую окончил со степенью кандидата богословия за сочинение «Умное делание в изъяснении преподобного Симеона Нового Богослова».
В сентябре 1969 года принят в число послушников Троице-Сергиевой лавры.
18 марта 1970 года пострижен в монашество с наречением имени Алексий в честь святителя Алексия, митрополита Московского.
19 апреля того же года архиепископом Сергием (Голубцовым) рукоположён во иеродиакона
19 июля 1973 года епископом Подольским Серапионом рукоположён во иеромонаха.
По окончании Московской духовной академии оставался насельником Троице-Сергиевой лавры, нёс послушание помощника духовника лавры архимандрита Кирилла (Павлова).
В 1981 году к празднику Святой Пасхи возведён в сан игумена.
10 мая 1992 года указом патриарха Московского и всея Руси Алексия II назначен наместником Московского Свято-Данилова монастыря.
24 мая того же года в Успенском соборе Московского Кремля возведён в сан архимандрита.
Трудами о. Алексия в монастыре созданы архитектурный отдел, иконописные, ювелирные, переплетная мастерские, издательство «Даниловский благовестник».
С 31 марта 1999 года является членом Синодальной комиссии по канонизации святых.
С 27 июля 2009 года член Межсоборного присутствия Русской Православной Церкви.
