Будущий священник родился на одном из греческих островов в 1941 году. Феодор решил пойти по стопам своего отца-священнослужителя и поступить на богословский факультет Университета имени Аристотеля в греческих Салониках (Фессалоникский университет). Благодаря отличной учёбе он получил право получить образование ещё и на юридическом факультете, однако отказался, выбрав богословские науки.
Феодор Зисис обучался в аспирантуре, в докторской диссертации рассматривал позицию Иоанна Златоуста по домостроительству, после этого исследовал понятие девства у Святых Отцов. Как итог работы — назначение Зисиса доцентом богословского факультета родного Университета.
Несколько раз ездил в Германию, чтобы повысить квалификацию, но остался верен Фессалоникскому университету, преподавал патрологию на факультете богословия. В начале 80-х годов, когда из факультета выделилось два отделения, он предпочёл отделение пастырского и социального богословия, назначался его деканом.
Наукой Феодор занимался и за пределами университета: трудился в монастырском Институте патриотических исследований, в Центре византийских исследований, также он был редактором таких журналов, как: «Наследие», «Византийское наследие», «Богослов».
Новая страница в жизни греческого богослова началась в 1990 году, когда он стал диаконом, в следующем году в одном из греческих монастырей он был рукоположен в пресвитера, два года служил в монастыре. В 1993 году отец Феодор стал священником храма во имя Антония Великого в Салониках, он находился под руководством Константинопольской патриархии.
Став священнослужителем, Феодор Зисис не оставил просветительской деятельности: организовал Общество православного просвещения, сейчас издаёт альманах «Жизнь по заповедям».
Отец Феодор Зисис — человек публичный, представляя Вселенскую патриархию на международных мероприятиях, он вёл беседы, в том числе и с католиками, что вызвало недовольство Константинопольской патриархии, на короткое время ему запретили служить. Протоиерей Феодор выступает против экуменизма, он отрицательно отнёсся к Всеправославному собору 2016 года. Он написал несколько книг, одна из которых «Благое непослушание или худое послушание?», которая раскрывает его позицию по самым животрепещущим темам современности, показывает, что послушание Церкви — это, прежде всего, следование и претворение в жизнь евангельских постулатов.
См. также: Богословие