Архимандрит Василий (Бакояннис) родился в 1953 г. в Греции в селе Кипарис у горного озера Трихонида. После окончания церковного лицея в Ламии прошел полный курс обучения в высшей церковной школе Афинской Академии и на православном богословском факультете университета в Белграде (Сербия).
В Свято-Владимирской духовной семинарии в Нью-Йорке, когда его профессором и деканом был приснопамятный протопресвитер Александр Шмеман (†1984), Василий Бакояннис был удостоен степени мастера богословия, а затем стал кандидатом философских наук в Атлантическом Интернациональном Университете в США.
В 1980 г. в Греции митрополитом Никопольским Мелетием он был рукоположен в диаконы и сразу в пресвитеры, после чего служил в Никопольской епархии до 1985 г. Затем был поставлен епархиальным проповедником в Патрской митрополии.