Иеромонах Рафаил (Родион Иванович Шейченко) происходил родом с Украины и по специальности был ветеринарным фельдшером. 25 августа 1917 года он поступил в Оптину пустынь послушником.
В 1923 году Оптину закрыли, а монахов выселили. В 1928 году были арестованы все оставшиеся монахи Оптиной, среди них был и отец Рафаил.
В ссылках отец Рафаил провел 21 год: первое время он отбывал срок под Москвой, в Дмитровском районе (Дмитлаг), затем 10 лет был на тяжелых работах на Баренцевом море, а потом трудился ветеринаром. Последний свой срок отец Рафаил отбывал на Соловках.
Иеромонах Рафаил был духовным сыном преподобного Нектария, также был близок с архимандритом Борисом (Холчевым) и епископом Стефаном (Никитиным).