Дмитрий (таково было имя святителя до пострига) появился на свет в Тульской губернии в 1902 году в семье, принадлежавшей к княжескому роду Шаховских. Он получил прекрасное образование в петербуржской гимназии, в школе в Царском Селе, в Императорском Александровском Лицее, учёбе в котором помешала революция 1917 года. Семье Дмитрия довелось пережить все ужасы большевисткой власти: заключение в тюрьму, ожидание расстрела, но всё закончилось благополучно. Юноша участвовал в боях на стороне белогвардейцев, но непродолжительное время военной службы научило его не делить людей по политическим мотивам, а в каждом стараться увидеть образ Божий.
Дмитрий Шаховский недолго служил на флоте, затем отправился сначала в Константинополь, а потом — в Париж, где стал учиться в богословском институте, в Школе политических наук. Кроме того, его увлекала литература, он издавал журнал, писал стихи, учился на филолога в университете в Бельгии, но вскоре решил отказаться от всей этой суетной мирской жизни.
Духовник Дмитрия Шаховского — епископ Вениамин Федченков посоветовал ему идти по монашескому пути, он принял такое благословение, и в день двадцатичетырёхлетия состоялся постриг в афонском монастыре святого Пантелеймона. Он получил имя в честь апостола Иоанна Богослова, через несколько месяцев стал иеродиаконом. Его монашеский путь продолжился в Югославии, где епископ Вениамин совершил его хиротонию в иеромонаха. Помимо монашеского делания отец Иоанн возглавлял пастырско-богословские курсы, не оставлял сочинения стихов, но они уже освещали исключительно духовные проблемы.
Пробыв в Югославии около четырёх лет, отец Иоанн Шаховский вернулся в столицу Франции, чтобы встать во главе храма во имя святого Владимира, следующее место служения — Германия, где под духовным водительством отца Иоанна были все приходы, в 1935 году он получил сан игумена, а через пару лет — архимандрита. В конце 30-начале 40 годов, когда разразилась Вторая Мировая война, владыке Иоанну пришлось приложить много усилий, чтобы приходы остались в ведении Русской Православной Церкви.
В 1945 году архимандрит Иоанн посетил Париж, а потом до конца жизни обосновался в Америке. Он недолго стоял во главе церкви в Лос-Анджелесе, весной 1947 года состоялось его рукоположение во епископа, под его управлением находилось Бруклинское викариатство, через несколько лет стал епископом Сан-Францисским и Западно-Американским. Прочая деятельность святителя Иоанна Шаховского: руководство семинарией, ведение передач на радио, также он стал автором нескольких книг, среди которых: «Время веры», «Ценность и личность», большое количество брошюр, повествующих о разных аспектах жизни христианина.
В 1978 году отец Иоанн Шаховский перестал служить, он отошёл ко Господу в 1989 году.
См. также: Валаамское общество Америки, Святитель Иоанн Шанхайский, Духовный рост