Преподобный Нил Столобенский родился в конце XV столетия, недалеко от Великого Новгорода. Как его звали в миру, сейчас уже неизвестно, как и то, кем были его родители. Известно только, что после их смерти он отправился в Иоанно-Богословский Крыпецкий монастырь, который находился около Пскова. Там он принял постриг под именем Нил, в честь преподобного Нила Постника.
В 1515 году преподобный Нил покинул Крыпецкий монастырь и срубил в лесу, во Ржевском уезде у реки Серемхи, небольшую келью. Жил уединённо, питался травами и дубовыми желудями, всё время проводил в молитвах.
По преданию, в один из дней к преподобному Нилу пришли разбойники, решившие его убить. Однако он, сотворив молитву, вышел к ним с иконой Пресвятой Богородицы. Разбойникам привиделось, что преподобный окружён множеством вооружённых людей. В ужасе они упали к его ногам, раскаялись и стали просить прощения.
Постепенно слава об отшельнике разнеслась по окрестным селениям. Люди стали приходить к нему, прося молитв и наставлений. Такая молва стала тяготить преподобного, и через 13 лет после поселения у реки Серемхи, в 1528 году, он перебирается на новое место — остров Столобный на озере Селигер, в 7-ми верстах от Осташкова. Первый год он жил в выкопанной землянке, потом построил себе келью и часовню для молитв. По легенде, дьявол многократно насылал различные напасти на отшельника — пожары, нападения разбойников, пытался сбросить его келью в озеро. Однако, Преподобный Нил оставался непреклонен, преодолевая все нападения молитвой и верой.
Всего преподобный Нил прожил на острове 27 лет и перед смертью завещал построить на этом месте монастырь, что и было позже сделано. Существует поверье, что преподобный Нил дал обет нележания, в связи с чем никогда не находился в горизонтальном состоянии. И даже спал, подвесив себя за плечи верёвками или на крюках, вбитых в стену.
Преставился Нил в 1555 году и был погребён на острове Столобном. А в 1594 г. с разрешения патриарха Иова была открыта монашеская обитель. Так и началась история мужского монастыря Нило-Столобенской Пустыни. Основателем монастыря был иеромонах Герман.