Михаил Николаевич Скабалланович родился в селе Суббота Гродненской губернии в семье священника. Первоначальное образование он получил в Гродненском Духовном училище, затем в 1892 г. с отличием закончил Виленскую Духовную семинарию, а в 1896 г. в числе первых окончил Киевскую Духовную Академию со степенью кандидата богословия, присужденною за сочинение «Изъяснительное изложение книги пророка Иезекииля».
В 1898—1907 гг. Михаил Николаевич был помощником инспектора Каменец-Подольской Духовной семинарии, помощником смотрителя Мариупольского Духовного училища. В 1905 г. за труд «Первая глава книги пророка Иезекииля: опыт изъяснения» Совет Киевской Духовной Академии присудил М.Н. Скабаллановичу степень магистра богословия. В 1907 г. Михаил Николаевич начал свою педагогическую деятельность в Киевской Духовной Академии сначала на кафедре Ветхого Завета, затем был определен профессором кафедры догматического богословия и латинского языка. Под умелым, серьезным и доброжелательным руководством Михаила Николаевича было написано значительное число диссертаций и ученых работ.
С 1918 г., после закрытия Академии, Михаил Николаевич состоял приват-доцентом Киевского университета на кафедре классической филологии, а также с 1910 по 1920 г. читал в Киеве курс истории Византии и латинского языка на историко-филологическом факультете Высших педагогических вечерних курсов Общества профессоров и преподавателей, в 1924 г. М.Н. Скабалланович состоял платным сотрудником Академии наук Украинской ССР и работал в библиотеке Михайловского монастыря, в 1928—1930 гг. — в Этнографической комиссии АН УССР. Михаил Николаевич был также членом Предсоборного Совета.
Литературное наследство М.Н. Скабаллановича чрезвычайно многообразно и велико. Много небольших статей он опубликовал в журналах «Подольские епархиальные ведомости», «Русский паломник», «Сельский пастырь», он также сотрудничал в журналах «Странник», «Христианская мысль», в которых его статьи и многочисленные проповеди не всегда были подписаны, был деятельным сотрудником журнала «Труды Киевской Духовной Академии» и журнала Киевской Духовной семинарии — «Руководство для сельских пастырей». Литературный талант М.Н. Скабаллановича проявился и в издаваемых им журналах.
С 1912 года в Киеве под редакцией Михаила Николаевича издавался ежемесячный журнал «Проповеднический листок» с приложением «Пастырское чтение». «Проповеднический листок» содержал поучения на все воскресные дни года, на великие и малые праздники, в систематическом порядке в нем излагались важнейшие предметы веры, поучения на разные случаи приходской жизни и практики. «Пастырское чтение» заключало в себе статьи по церковно-общественным вопросам, по изъяснению Священного Писания и Богослужения, обозрение журналов, руководящие уставные указания на каждый месяц. С августа 1914 г. в конце журнала помещался раздел «Около войны и на войне», в котором публиковались патриотические статьи, в том числе о героических подвигах священнослужителей на фронте. С 1918 г. М.Н. Скабалланович стал редактировать новый журнал «Свободное слово христианина».
В 1905—1918 годах он опубликовал обширный цикл статей и монографий по литургике. Центральное место среди них занимает «Толковый Типикон: объяснительное изложение Типикона с историческим введением», первый выпуск которого вышел в свет в 1910 году. Первоначально «Толковый Типикон» был задуман автором как практическое пособие для священнослужителей. Но Скабалланович, захваченный широтой темы и ее глубоким научным значением, создал книгу, ставшую событием в жизни Русской Церкви. За этот труд Совет Киевской Духовной Академии присудил ему в апреле 1912 года ученую степень доктора церковной истории, он также был удостоен премии митрополита Макария.
В первом выпуске «Толкового Типикона» Скабалланович излагает историю богослужебного Устава со времени ветхозаветного Богослужения до появления первых списков Типикона в IX веке и затем от появления таких списков до XVI—XVII веков. Толкование Типикона начинается, собственно, во втором выпуске, где комментируются 1-я и 2-я главы Типикона, а в разделе «Практическая осуществимость всего устава всенощной» рассказывается о так называемой «идеальной» всенощной в храме Киевской Духовной Академии, проведенной 10—11 ноября 1912 года по инициативе В.Д. Прилуцкого. В третьем выпуске комментируются службы 1-го, 3-го, 6-го часов, изменяемые части воскресной литургии, чин о панагии; дается толкование 3-й главы Типикона, говорится о чине благословения колива. Четвертый выпуск в свет не вышел, его отдельные фрагменты были опубликованы под общим названием «Из подготовляемого к печати продолжения Толкового Типикона».
В историю русского богословия М..Н. Скабалланович вошел также как автор и редактор серии книг «Христианские праздники», намереваясь в тринадцати книгах рассказать о всех двунадесятых праздниках Православной Церкви и особо о празднике Воскресения Христова. Каждый праздник должен был комментироваться по следующей схеме: событие и история праздника, служба праздника, служба праздника в Римско-Католической Церкви в сравнении с православной службой. Этот план, к сожалению, ему не удалось завершить: вышло только шесть книг.
Михаил Николаевич Скабалланович скончался в августе 1931 года.
