Об апологете Афинагоре нет практически никаких достоверных исторических свидетельств. О нем не упоминают ни Евсевий, ни блж. Иероним. До нас дошли два его творения: «Прошение о христианах» и «О воскресении», в заглавии которых он называется Афинянином и христианским философом. По внутренним свидетельствам текста «Прошения...», обращенного к Марку Аврелию Антонину и Люцию Аврелию Коммоду, время его написания можно положить между 176-180 годами (Коммод сделался соправителем в 176 г., а весною 180 г. Марк Аврелий умер).
По указанию свт. Епифания (Обл. ер. 64, 20) (а за ним свт. Фотия) известно, что свт. Мефодий Патарский цитировал отрывок из «Прошения...» Афинагора (гл. 24, о природе демонов) в своем трактате «О воскресении».
Единственное историческое упоминание об Афинагоре принадлежит церковному историку V века Филиппу Сидету, дошедшее до нас в цитации (а возможно в пересказе) Никифора Каллиста. Вот этот фрагмент: «Филипп Сидет в слове 44 говорит: Афинагор был первым руководителем Александрийского училища и процветал во времена Адриана и Антонина, которым он адресовал „Прошение за христиан“ (τον υπ?ρ Χριστιαν?ν πρεσβευτικον). Сей муж исповедовал христианство в плаще философа, стоя во главе академической школы. Возжелав еще до Кельса написать [сочинение] против христиан, он обратился к Священным Писаниям, чтобы бороться [с христианством] со знанием дела, но был столь пленен Всесвятым Духом, что, подобно великому Павлу, вместо преследователя стал учителем той веры, которую преследовал. Учеником его, как говорит Филипп, был Климент, автор „Стромат“, а [учеником] Климента — Пантен. Этот Пантен также был афинянином и философом-пифагорейцем... Согласно Филиппу, учеником и преемником Пантена, возглавлявшим училище, являлся Ориген... и он был четвертым предстоятелем христианской школы. После Оригена [таким предстоятелем являлся] Иракл, за ним — Дионисий, за Дионисием — Пиерий; после Пиерия — Феогност, за Феогностом — Серапион, а после него — Петр, великий епископ, ставший мучеником; после Петра — Макарий, прозванный соотечественниками „Городским“, за ним — Дидим, а за Дидимом — Родон. Согласно Филиппу, Родон, во времена Феодосия Великого, перевел школу в его [родной] город Сиды и, как говорит Филипп, сам он учился у Родона». Однако этот отрывок вызывает споры у исследователей. Филиппа Сидета еще Сократ Схоластик обвинял в небрежности с историческими фактами, а приведенный текст содержит немало противоречий с имеющимися сведениями. Это и свидетельство о том, что Афинагор подал «Прошение...» Адриану и Антонину, и хронология Александрийского училища Священных словес. Но верные сведения в этом сообщении, видимо, присутствуют. Несомненно, что Афинагор обратился в христианство в зрелом возрасте и пришел с Церковь с солидным философским и риторическим багажом. В главе 9 «Прошения...» Афинагор пишет императорам: «Впрочем, предоставляю вам прочитать сами книги [Священного Писания], и тщательно исследовать в них заключающиеся пророчества, чтобы, по надлежащем обсуждении, вы могли отвратить гонения на нас». По предположению некоторых ученых Афинагор мог быть руководителем частной философско-христианской школы.
Не ясно, что точно означает именование «Афинянин», это может указывать на происхождение, а может быть просто почетным прозвищем. Существует мнение о связи Афинагора с Малоазийской Церковью. Это заключение делается на основании упоминаний о нем малоазийцев Филиппа Сидета и свт. Мефодия, а также некоторых параллелей «Прошения...» с Письмом к Церквам Азии и Фригии о лионских мучениках.
