В 1984 г. окончила Московский Архитектурный Институт (МАРХИ) — кафедру теории архитектуры. С 1984 по 2001 г. работала научным сотрудником Научно-исследовательского Института Теории Архитектуры и Градостроительства (НИИТАГ), является автором иллюстраций к монографии «История Градостроительного искусства» тт. 1, 2. В 1986 г. начала заниматься иконописью под руководством о. Вячеслава Савиных. В 1987 — 1988 гг. принимала участие в проектировании иконостасов храма Семи Вселенских Соборов вновь открывшегося в Москве Данилова монастыря. Для центрального иконостаса этого храма Е. Д. Шеко написала две иконы: надвратные сени над северной и южной дверью. В 1997 г. окончила Православный Свято-Тихоновский Богословский институт (ПСТБИ), кафедру иконописи, в мастерской И. В. Ватагиной. С 1998 г. работает преподавателем Факультета Церковных Художеств ПСТБИ. В 1996 г. принимала участие в реконструкции и разработке системы росписи строящегося храма Христа Спасителя (в составе 12 мастерской Моспроекта). В 1997 гг. преподавала курс иконописи группе студентов Vasa Arbetarinstitut (Финляндия).
С 2001 г. заведовала кафедрой Рисунка и Живописи ФЦХ ПСТБИ, с 2005 г. — заведует кафедрой иконописи. Иконы мастерской Шеко Е.Д. украшают многие храмы Москвы и Московской области, а так же ряд приходов Московской Патриархии за рубежом. C 2004 г. Е. Д. Шеко руководит работой научного отдела базы данных по иконографии восточнохристианского искусства ПСТГУ. Е. Д. Шеко является автором-разработчиком серии дисков «Азбука иконописца». В 2007 г. Е. Д. Шеко награждена медалью Русской Православной Церкви прп. Серафима Саровского II степени «за усердные труды на ниве православного образования».
