Михаил Николаевич Мудьюгин родился в Петербурге в 1912 г. Формированию его религиозного мировоззрения способствовала мать. В восемь лет его уже посвятили в чтецы, он был допущен в алтарь, пел на клиросе, общался с прихожанами и священниками петербургского Старо-Афонского подворья.
Окончив школу, он попытался поступить в Ленинградский университет на факультет химии, но его не допустили из-за дворянского происхождения. Далее последовал арест по причине участия в церковной жизни. Михаил Мудьюгин стал рабочим на заводе.
Примерно с середины 50-х годов Михаил стал стремиться к принятию священного сана. В 1958 г. состоялось его рукоположение во диаконы, затем — во иереи. Служение проходило в кафедральном соборе Вологды, храме города Устюжин. Отец Михаил получил духовное образование: Духовная семинария и Духовная академия в Ленинграде, начал преподавать, стал деканом.
В 1966 г. состоялся его постриг и возведение в сан архимандрита, через пару лет он стал епископом Астраханским и Енотаевским.
Епископ Михаил стоял на позиции необходимости реформирования Церкви, что часто вызывало непонимание окружающих, был сторонником экуменизма.
В 1993 году Михаил Мудьюгин ушёл на покой. В последние годы он занимался проповедничеством.
После себя архиепископ Михаил Мудьюгин оставил немало трудов, среди которых можно выделить книгу «Православное учение о личном спасении», которая рассматривает аспекты этой важнейшей задачи христианина в земной жизни.